El Grupo de Protocolo de la UEPSMA fue creado a mediados de los años 90, demostrando capacidad, alto espíritu de colaboración y apoyo en todas las actividades y eventos de carácter académico, religioso, social, deportivo y cuando ha sido requerido en eventos en otras instituciones públicas y privadas.
Está integrado por estudiantes del Bachillerato respetando la alternancia, paridad de niveles, igualdad de oportunidades y equidad, para que representen eficientemente a la Unidad Educativa en los diferentes eventos protocolarios de vinculación y gestión a nivel interno y externo de la UEPSMA, actualmente está dirigido por el Tlgo. Pedro Arias Toledo.
la Unidad Educativa cuenta también con el grupo de protocolo conformado por estudiantes de la Básica Media, participando en los diferentes eventos realizados dentro de la institución, quienes están encargadas de ayudar, informar y mantener el orden en las diferentes actividades dentro de un evento realizado.